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ネットショップの確定申告：売上・決済手数料・送料の仕訳の例

管理画面の「売上」と、口座に振り込まれた金額が合わない。ネットショップの帳簿づけで最初に引っかかるのはここです。

差の正体は、決済手数料や振込の手数料です。この記事では、1件の注文が入金されるまでを仮の金額で追って、仕訳の形にします。

結論（この記事の例での書き方）

お金は3回動く

BASEやShopifyのような決済つきのネットショップでは、1件の注文でお金が3回動きます。

  1. 注文が入り、商品を送る（売上が立つ）
  2. 決済手数料などが差し引かれる
  3. 残りが口座に振り込まれる（振込の手数料がかかることもある）

この3つを別々に書くと、管理画面の数字と通帳の数字がつながります。65万円・55万円の青色申告特別控除は複式簿記での記帳が条件なので、この形に慣れておくと楽です（制度は開業届と青色申告の記事で整理しました）。

以下の金額はすべて仮の数字です

手数料の額は説明用に置いたもので、どのサービスの料金でもありません。実際の手数料は手数料計算ツール（広告を含むページ）か各社の公式ページで確認してください。

売上と決済手数料の仕訳

例：商品代8,000円＋送料2,000円で、お客様の支払いが合計10,000円。決済手数料が500円差し引かれたとします。

場面借方金額貸方金額
売上が立つ売掛金10,000売上高10,000
手数料が引かれる支払手数料500売掛金500

例：売上10,000円・決済手数料500円（いずれも仮の金額）。この時点で売掛金の残りは9,500円です。

手数料を引いた9,500円だけを売上にする書き方を見かけることもあります。ただ、それだと手数料が帳簿に出てこず、管理画面の売上とも合いません。この記事の例では、売上と手数料を分けて書いています。

もう1つ決めておくのが「いつの売上にするか」です。たとえばマネーフォワードのBASE連携では、BASEの「発送日」を仕訳の取引日として取り込むとFAQに書かれています。注文日・発送日のどちらで揃えるかは、方針を決めて毎回同じにします。迷うところなので、気になる場合は税理士に確認してください。

送料の仕訳

送料は「お客様から受け取る送料」と「自分が運送会社に払う送料」の2つに分けて考えます。

場面借方金額貸方金額
お客様から送料を受け取った（上の例の2,000円）上の「売上が立つ」の10,000円に含めて書いている例
運送会社に送料を現金で払った荷造運賃1,800現金1,800
梱包材を事業用の口座から買った荷造運賃300普通預金300

例：払った送料1,800円・梱包材300円（いずれも仮の金額）。「荷造運賃」は「荷造発送費」「発送費」などの名前になっていることもあります。

受け取った送料と払った送料を相殺して、差額だけを書く方法はこの記事では扱いません。受け取った分と払った分を両方書いておくと、送料で赤字になっていないかも見えます。

入金（振込）の仕訳

売掛金の残り9,500円を振込申請して、振込の手数料が250円引かれ、9,250円が入金されたとします。

場面借方金額貸方金額
口座に入金普通預金9,250売掛金9,500
支払手数料250

例：振込額9,500円・振込の手数料250円（いずれも仮の金額）。これで売掛金は0円になります。

実際は、1回の振込に何件もの注文がまとまって入ってきます。注文ごとに売掛金を立てて、振込のたびにまとめて消す、という流れです。年末に売掛金の残高が管理画面の「まだ振り込まれていない売上」と近い金額になっていれば、大きなズレはないと見当がつきます。

私物のカード・口座で払ったとき

開業したばかりだと、事業用の口座やカードがまだなく、私物で払うことがよくあります。その場合は「事業主借」「事業主貸」を使う書き方が一般的です。

場面借方金額貸方金額
ネットショップの有料プランを私物のカードで払った支払手数料3,000事業主借3,000
事業用の口座から生活費を引き出した事業主貸20,000普通預金20,000

例：プラン料金3,000円・引き出し20,000円（いずれも仮の金額）。プラン料金を「支払手数料」「通信費」などどの科目にするかは、方針で決めて揃えます。

何が経費になるかは、事業との関係で変わります。この記事では個別の判断はしません。

どのデータから拾うか

手入力する場合も、会計ソフトに取り込む場合も、元になるのは各サービスのCSVです。公式ヘルプに書かれている項目のうち、仕訳に使うものを並べます。

サービスデータ仕訳で使う主な列
BASE売上データダウンロード App「売上」CSV（発送済みの売上）発送日時・購入者支払金額合計・BASEかんたん決済手数料・サービス利用料・売上残高計上額
BASE同 App「振込申請」CSV申請日・お支払日・振込申請額・振込手数料・実振込額
BASE同 App「費用」CSV（有料プラン・有料Appsなど）支払日・項目・金額
ShopifyShopifyペイメントの入金明細のエクスポート取引日（Transaction Date）・金額（Amount）・手数料（Fee）・正味額（Net）・入金日（Payout Date）

基準日：2026年11月14日。BASEヘルプ「売上データダウンロード App」、Shopifyヘルプ「Shopifyペイメントの入金明細の表示とエクスポート」をもとに作成。

BASEは売上の明細書や領収書を発行していない、と公式ヘルプにあります。CSVを年ごとに保存しておくと、あとで見返すときに困りません。

CSVを毎月手で仕訳にするのが重いなら、会計ソフトの連携で取り込む方法があります。対応状況はBASE・Shopifyの売上を会計ソフトに取り込む方法（広告を含むページ）にまとめました。

この記事の仕訳は一般的な例です。勘定科目の名前や書き方は、会計ソフトや方針によって変わります。ご自身の取引の扱いや、経費になるかどうかの判断は、税理士または税務署にご相談ください。

出典